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L’eruzione del Vesuvio durò tre giorni e fece depositare su Pompei metri e metri di materiale eruttivo. Ulteriori sedimentazioni nascosero per secoli la città fino a quando, nella primavera del 1748, sotto il regno di Carlo di Borbone,  l’ingegnere Alcubierre diede ordine che iniziassero gli scavi. Solo una ventina d’anni dopo, però, questi lavori rivelarono la vera identità del luogo.

I primi scavi furono condotti in maniera disordinata, rivolti unicamente allo spoglio di opere d’arte e suppellettili preziose. Le ricerche organizzate, scientifiche e sistematiche iniziarono intorno al 1861 per merito dell’archeologo napoletano Giuseppe Fiorelli.

Invece di cercare oggetti preziosi, Fiorelli organizzò gli scavi dividendo la città in quartieri e isolati e numerando gli edifici per poter localizzare e ritrovare ogni reperto. Fiorelli decise inoltre di lasciare sul posto i dipinti piuttosto che staccarli e portarli al museo di Napoli come era stato fatto in precedenza. Le case scavate vennero anche ricoperte con tetti il più fedele possibile a quelli antichi. Tetti che avevano anche la funzione di riparare i reperti dalle intemperie e dal degrado.

Per la prima volta venne fissato un biglietto d’ingresso e gli scavi vennero aperti al pubblico. Si deve a Fiorelli anche l’introduzione del metodo dei calchi in gesso che consentì di recuperare l’immagine delle vittime dell’eruzione del Vesuvio.

L’archeologo napoletano fondò la Scuola Archeologica di Pompei e, nel 1875, pubblicò la prima guida scientifica sulla città sepolta.

L’esplorazione continuò per tutta la fine del 1800 e si estese verso la parte orientale della città durante i primi anni del XX secolo.

Tra il 1924 e il 1961 i lavori furono condotti dall’archeologo laziale Amedeo Maiuri che scoprì edifici di grande prestigio, come la Villa dei Misteri, e delimitò i confini della città. Recuperò la necropoli di porta Nocera e inoltre iniziò la ricerca delle fasi precedenti Pompei scavando al di sotto del livello sommerso nel 79 d.C.
Negli ultimi decenni il calo delle risorse economiche a disposizione ha portato ad un rallentamento dell’attività di scavo portando a concentrarsi sul restauro e sulla manutenzione di edifici già portati alla luce.

Da più parti sono arrivate accuse di incuria e degrado degli scavi archeologici tanto che, negli ultimi tempi, il Governo ha deciso di creare la figura di un commissario straordinario che supervisioni il sito archeologico più frequentato al mondo.